Częstotliwość czyszczenia akwarium zależy od stopnia jego zabrudzenia oraz wielkości zbiornika. Im mniejsze akwarium tym częściej wymaga ono czyszczenia. Natomiast na stopień zabrudzenia akwarium wpływ ma częstość podawania pokarmu dla rybek, ilość rybek oraz to czy w zbiorniku znajduje się filtr do wody oraz gatunki ryb, które wspomagają właściciela w walce z glonami czy innymi zabrudzeniami. Przy czyszczeniu akwarium nie należy wymieniać całej wody, gdyż zbyt radykalna zmiana parametrów wody w akwarium może doprowadzić do choroby lub śmierci rybek. Zazwyczaj podmienia się od 20–50% wody co 3 do 5 tygodni. Podczas podmiany wody należy również wyczyścić szyby z glonów, oczyścić filtr do akwarium oraz inne akcesoria dla rybek takie jaki kamienie czy zamki do akwarium. Warto również oczyścić dno, gdyż to tam, między kamieniami zbiera się najwięcej zanieczyszczeń. Można to zrobić za pomocą specjalnego odmulacza do dna. Jest to bardzo proste i pomocne urządzenie. Pozwala też na oczyszczanie dna bez konieczności podmiany dużej ilości wody. Jeśli akwarium bardzo szybko się brudzi, a woda robi się mętna to warto zastanowić się czy nie jest podawana zbyt duża ilość pokarmu dla rybek. Można również używać uzdatniaczy wody do akwarium, które poprawiają parametry wody i sprawiają, że woda jest dłużej przejrzysta, a szyby nie są zajęte przez glony.
